К девочке по имени Сита попадает таинственный Летающий камень. За этим камнем начинают охоту агенты правительства и пираты, потому что Камень представляет огромную ценность.

События этого мультфильма разворачиваются в ином мире, который в некоторой степени напоминает Японию в эпоху Средневековья. В этом мире города напоминают большие деревни, правят которыми феодалы и в которых живут купцы. Но в то же время деревни снабжаются электроэнергией, и не только, а еще и тайными технологиями. Главным отличием этого мира является то, что в них живут нинзя, называемые Шиноби. Сила, которой они обладают, выходит за рамки человеческого понимания. Они владеют техниками разрушения, гипноза, призыва монстров и с одного удара могут разбить скалу.